Le prime testimonianze storiche relative all'isola Boscone risalgono al XVII secolo. Una mappa dell'archivio Gonzaga di Mantova di quel periodo riporta infatti un'isola sul Po proprio di fronte a Carbonara. Nel corso dei secoli, si succedettero vari proprietari che la utilizzarono soprattutto come bosco per il legname e come pascolo ma anche come area abitativa.

Nel 1983 l'isola fu dichiarata Riserva Naturale regionale. Tra le principali caratteristiche dell’area protetta, spicca la presenza di un ambiente particolarmente adatto alla sosta e alla nidificazione di varie specie di uccelli. Per questo, la gestione fu da subito affidata alla Lega Italiana Protezione Uccelli (LIPU).

Nel settembre 1995, l’Isola è stata proposta come sito di interesse comunitario all’interno del progetto Natura 2000, la rete di conservazione degli habitat naturali e seminaturali della flora e della fauna selvatiche.

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